по двое и по двое
Ответы справочной службы
Оба варианта корректны, чаще пишут с запятой.
Страница ответаСправочники
§ 83. Пишутся слитно: 1. Наречия, образованные соединением предлогов с наречиями, например: доныне, извне, навсегда, напротив, насквозь, позавчера, послезавтра, донельзя, навряд ли, задаром. От таких наречий следует отличать пишущиеся раздельно сочетания предлогов с неизменяемыми словами, употребляемыми в этих случаях в значении существительных, например: до завтра, на авось, на нет (свести на нет), на ура. 2. Наречия, образованные соединением предлогов
...Наречия, образованные соединением предлогов в и на с собирательными числительными, например: вдвое, втрое, вчетверо и т. д., надвое, натрое, но: по двое, по трое. 3....
...V. Наречия...
Журнал
В связи с шестидесятилетием действующих правил правописания предлагаем вниманию читателей архивную статью Сергея Ефимовича Крючкова, опубликованную 26 мая 1956 года в «Учительской газете». В этой статье сообщается об утверждении нового свода правил русского правописания, который официально действует до сих пор (сам свод правил был принят весной и издан в августе 1956 года, к началу нового учебного года). Автор рассказывает о принципах унификации правописания, о практических шагах по введению нового свода.
...В этой статье сообщается об утверждении нового свода...
...В связи с шестидесятилетием действующих правил правописания...
...Парчовый, пенсне, перекочевка, перрон, пескарь, печенка, по-буднишнему и по-будничному, по-видимому, по-прежнему, по-пустому, под мышками, помешанный (сумасшедший), по двое, по трое, поравняться, пресс-бюро, пресс-конференция, пресс-папье, промокать (на дожде; написанное), промокашка....
...Единый свод правил орфографии и пунктуации...